Ludger Kresnik, ein junger Mann aus Trigleph, möchte Agent in der Spirius AG werden. Er wird von seinem älteren Bruder Julius Kresnik ausgebildet und schließlich auch geprüft – doch er versagt bei der Prüfung.
Ludger findet eine andere Arbeit im Bahnhof von Trigleph, wo er als Koch angestellt wurde. Gleich an seinem ersten Arbeitstag findet ein Anschlag im Bahnhof statt – über mehrere Umwege gelangt Ludger gemeinsam mit der kleinen Elle sowie Jyde Mathis in den nächsten Zug.
Im Zug zerstört Ludger, ohne es zu wissen, eine Splitterdimension. Dies geschieht einige weitere Male, bis er von Bisley Bakur, dem Chef der Spirius AG, schließlich aufgesucht wird.
Ihm wird erklärt, dass er die Chromatus-Fähigkeit besitzt – einige Nachkommen von Kresnik besitzen sie. Er wird dazu auserkoren, gefundene Splitterdimensionen zu zerstören, weil sie sich wie Parasiten von der Hauptdimension zu ernähren scheinen und deshalb vor allem Geister-Energie zu verschwinden droht.
Ludger geht darauf ein. Da er allerdings in hohe Schulden geraten ist, muss er nebenher noch diese abarbeiten. Seine Arbeit bei der Spirius AG soll ihm dabei helfen.
Schließlich kommen die Helden in eine Splitterdimension, die Elle erkennt: es ist ihre Heimat. Außerdem wurden hier die Helden aus Tales of Xillia ermordet im Epsilla-See vorgefunden – an dessen Ufer Elle mit ihrem Vater Victor lebt.
Als sie ihn aufsuchen und Elle einschläft, gibt Victor sich als Ludger zu erkennen, zehn Jahre in der Zukunft. Er will Ludger töten, um zu verhindern, dass er genau diese Splitterdimension vernichtet – doch dies gelingt nicht. Victor wird mit der gesamten Splitterdimension zerstört.
Von Trauer angetrieben und in der Furcht, auch Ludger zu verlieren, gelangt Elle in die Hände von Bisley, der – nachdem alle sogenannten Wegweiser gefunden wurden, die in den Splitterdimensionen versteckt waren – das Land Canaan herbeiruft.
Er weiß, dass die drei großen Geister Origin, Maxwell und Chronos lediglich ein Spiel mit der Menschheit spielen:
Wenn der millionste Katalysator und damit die millionste Splitterdimension entstanden ist, die dann entstehen, wenn die Chromatus-Fähigkeit zu oft eingesetzt wurde, haben die Menschen das Spiel verloren: Origin wird nicht länger die Seelenreinigung vollziehen und auch nicht mehr das Miasma verschließen, das die Dimensionen schließlich irgendwann zerfressen wird. Tritt, bevor dies geschieht, jemand vor Origins Antlitz und äußert ihm einen Wunsch, haben die Menschen das Spiel gewonnen.
Es ist schließlich die Entscheidung des Spielers selbst, was zum Schluss geschieht: Origin wird stets das Miasma wegsiegeln und die Seelenreinigung weiter durchführen. In der Hand des Spielers liegt die Entscheidung, ob Elle oder Ludger stirbt.